Com a eclosão do Regime Militar de 1964 foi um dos três ex-presidentes a ter seus direitos políticos cassados ao lado de João Goulart e Juscelino Kubitschek. Após fazer declarações à imprensa em Recife, Rio de Janeiro e São Paulo, em julho de 1968, o ex-presidente foi detido pelo Exército Brasileiro, por ordem do então Ministro da Justiça, Luís Antônio da Gama e Silva. Assumiu a responsabilidade pessoal pelas manifestações de caráter político publicadas na imprensa do Recife, da Guanabara e de São Paulo, apesar da sua condição de estar com os direitos políticos suspensos por 10 anos, segundo o ato do regime militar. Esse mesmo poder que daria como “domicílio determinado”, por prazo de 120 dias, a cidade de Corumbá, Mato Grosso.
Petição de habeas corpus em que é paciente o Capitão Honorário Francisco Antônio da Silva com o propósito de comparecimento do dito paciente na sessão de 1º de dezembro próximo.
Autos de petição de Habeas Corpus em que são impetrantes os advogados João Damasceno Pinto de Mendonça e João Paulo Barbosa Lima a favor do paciente Alexandro José Barbosa Lima.
Rui Barbosa impetrou ordem de Habeas Corpus em favor do Senador Almirante Eduardo Wandenkolk e outros oficiais reformados, retidos nas Fortalezas de Santa Cruz, Laje e Villegaignon, acusados de crime militar por terem participado do confisco do navio Júpiter. Wandenkolk teria assumido o comando do navio no litoral sul do Brasil, com a conivência de oficiais e tripulantes, em tentativa de conspiração contra o Governo, reforçando os objetivos da Revolta da Armada (Rio de Janeiro) e da Revolução Federalista (Rio Grande do Sul). Na petição longamente fundamentada, Rui Barbosa alegava demora na formação da culpa, imunidade parlamentar para o Senador, e, quanto aos demais, incompetência do foro militar para julgá-los, pois se tratava de oficiais reformados, e deveriam ser julgados pela Justiça comum. O Supremo negou a ordem de soltura dos pacientes.
Os pacientes membros do Partido Comunista, ao Bloco Operário, Bloco Têxtil, diretores e redatores dos jornais “A Nação” e “Voz Cosmopolita”, a “Sociedade dos Amigos da Rússia”, foram impedidos de reunirem na sede do partido e nos respectivos jornais para “comemoração da morte de Lenine”, pelo 4º Delegado Auxiliar do Distrito Federal por ter sido considerada subversiva e assim não poderia ser realizada. O impetrante alegou o “incontestável direito, a todos garantidos, de reunirem-se livremente e sem armas, só podendo a política intervir para manter a ordem pública”. O exercício desse direito pelos pacientes consiste precisamente em poderem vir de qualquer parte, livremente para o local da reunião, aí poderem livremente permanecer e daí poderem livremente sair”.
O advogado Heitor Lima impetrou Habeas Corpus em favor de Maria Prestes (Olga Benário) para que ela não fosse expulsa do país. Ela era alemã e estava presa na Casa de Detenção do Rio de Janeiro, acusada de participar dos acontecimentos de novembro de 1935 (Intentona Comunista). Casada com Luiz Carlos Prestes, o Governo Getulista a considerava perigosa à ordem pública e nociva aos interesses do país. Na petição, o advogado argumentava que a extradição era ilegal, pois ela estava grávida e sua extradição significaria colocar o filho de um brasileiro sob o poder de um governo estrangeiro. O Supremo, por maioria, não tomou conhecimento do pedido de Habeas Corpus.
David Ben Obill e outros marinheiros do Navio Júpiter estavam presos nas fortalezas de Santa Cruz e Lages, acusados de participarem da Revolta da Armada. O Vapor Júpiter era um navio mercante que foi confiscado pelos rebelados. Ruy Barbosa impetrou Habeas Corpus, solicitando a liberdade dos prisioneiros. O Supremo considerou a prisão ilegal e concedeu a ordem de soltura em favor de todos os presos.
Martinho Rodrigues de Souza impetrou Habeas Corpus em favor do senhor João de Menezes Dória para que ele fosse posto em liberdade. O médico e político paranaense estava preso na Casa de Detenção do Rio de Janeiro e era acusado de ter ligações com os revoltosos do Rio Grande do Sul (Revolta da Armada e Revolução Federalista). O Supremo negou a ordem com a seguinte justificativa: “Negam a ordem de soltura, por estar preso por ordem do Governo Federal o paciente, em consequência de motivo político que persiste durante o estado de sítio, sob cujo domínio se acha esta capital, e como já foi decidido pelo Tribunal em sentença de novembro de 1891.
Os advogados Heráclito Fontoura Sobral Pinto e Cândido de Oliveira Neto impetraram Habeas Corpus em favor do ex-presidente Juscelino Kubitschek de Oliveira, para que cessasse a coação ilegal, decorrente de inquéritos policiais militares e do modo pelo qual estes estariam sendo conduzidos. Na petição, os advogados alegavam que o ex-presidente sofria uma verdadeira perseguição, pois já contava com mais de 60 horas de depoimentos. O Supremo, por unanimidade de votos, julgou prejudicado o pedido.