Martinho Rodrigues de Souza impetrou Habeas Corpus em favor do senhor João de Menezes Dória para que ele fosse posto em liberdade. O médico e político paranaense estava preso na Casa de Detenção do Rio de Janeiro e era acusado de ter ligações com os revoltosos do Rio Grande do Sul (Revolta da Armada e Revolução Federalista). O Supremo negou a ordem com a seguinte justificativa: “Negam a ordem de soltura, por estar preso por ordem do Governo Federal o paciente, em consequência de motivo político que persiste durante o estado de sítio, sob cujo domínio se acha esta capital, e como já foi decidido pelo Tribunal em sentença de novembro de 1891.

David Ben Obill e outros marinheiros do Navio Júpiter estavam presos nas fortalezas de Santa Cruz e Lages, acusados de participarem da Revolta da Armada. O Vapor Júpiter era um navio mercante que foi confiscado pelos rebelados. Ruy Barbosa impetrou Habeas Corpus, solicitando a liberdade dos prisioneiros. O Supremo considerou a prisão ilegal e concedeu a ordem de soltura em favor de todos os presos.

Rui Barbosa impetrou ordem de Habeas Corpus em favor do Senador Almirante Eduardo Wandenkolk e outros oficiais reformados, retidos nas Fortalezas de Santa Cruz, Laje e Villegaignon, acusados de crime militar por terem participado do confisco do navio Júpiter. Wandenkolk teria assumido o comando do navio no litoral sul do Brasil, com a conivência de oficiais e tripulantes, em tentativa de conspiração contra o Governo, reforçando os objetivos da Revolta da Armada (Rio de Janeiro) e da Revolução Federalista (Rio Grande do Sul). Na petição longamente fundamentada, Rui Barbosa alegava demora na formação da culpa, imunidade parlamentar para o Senador, e, quanto aos demais, incompetência do foro militar para julgá-los, pois se tratava de oficiais reformados, e deveriam ser julgados pela Justiça comum. O Supremo negou a ordem de soltura dos pacientes.