Com a eclosão do Regime Militar de 1964 foi um dos três ex-presidentes a ter seus direitos políticos cassados ao lado de João Goulart e Juscelino Kubitschek. Após fazer declarações à imprensa em Recife, Rio de Janeiro e São Paulo, em julho de 1968, o ex-presidente foi detido pelo Exército Brasileiro, por ordem do então Ministro da Justiça, Luís Antônio da Gama e Silva. Assumiu a responsabilidade pessoal pelas manifestações de caráter político publicadas na imprensa do Recife, da Guanabara e de São Paulo, apesar da sua condição de estar com os direitos políticos suspensos por 10 anos, segundo o ato do regime militar. Esse mesmo poder que daria como “domicílio determinado”, por prazo de 120 dias, a cidade de Corumbá, Mato Grosso.

Os advogados Heráclito Fontoura Sobral Pinto e Cândido de Oliveira Neto impetraram Habeas Corpus em favor do ex-presidente Juscelino Kubitschek de Oliveira, para que cessasse a coação ilegal, decorrente de inquéritos policiais militares e do modo pelo qual estes estariam sendo conduzidos. Na petição, os advogados alegavam que o ex-presidente sofria uma verdadeira perseguição, pois já contava com mais de 60 horas de depoimentos. O Supremo, por unanimidade de votos, julgou prejudicado o pedido.